《最后的千纸鹤》是一部关于友情与爱情的视觉小说。男主角村上勇气罹患脑瘤，在经过多年没有任何效果的治疗后，他打算完成一个最后的约定：回到他的家乡并再次与他童年时的玩伴西村纱希相见。然而，这并没有他想象中那么容易。
纱希早已经不住在从前的地方，没有人知道她搬去了哪里。 村上勇气只记得纱希曾经说过，她想去清水高校上学。于是他和义妹玛丽，以及新邻居永田千寻一起开始了寻找纱希的旅程。最终他们在清水高校遇见了一位很受欢迎的女孩——藤本明日香，她看起来非常像西村纱希。
村上勇气不止一次的怀疑明日香就是改名后的纱希，但出乎他意料的是，明日香对他非常冷漠，也并没有承认她就是纱希。她真的只是和纱希长的很像吗？在他的生命行将结束之际，村上勇气真的能找到他曾经的青梅竹马——西村纱希吗？