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本作发生在前作《莱莎的炼金工房~常暗女王与秘密藏身处~》的冒险3年后，讲述各奔前程的莱莎和其同伴们再次相聚，经历新的邂逅与离别，再次寻找“某种至宝”的故事。
故事
库肯岛冒险结束后的3年，莱莎留在岛上努力磨练炼金术。有一天，她收到一封来自王都阿斯拉·阿姆·伯特的友人寄来的一封信。信中提到 “可能与炼金术有关的遗迹”，与此同时还接到调查神秘发光之石的委托。恰好感到炼金术毫无进展的莱莎，为了回应友人的邀请并调查神秘之石，独自一人以王都为目的地，踏上旅途。
在王都迎接莱莎的是，曾经一同冒险的友人、新结识的同伴、与神奇小动物的邂逅。以及无数如童话般的传说和谜团重重的遗迹……。
告别青涩、逐渐成熟的莱莎等人，又一场围绕他们的崭新“夏日冒险”即将开始。
本作的特色
■运用原野行动进行探索
通过用绳子进行移动、沿蔓藤攀登山崖、穿越狭窄场景、在水中游泳等各种动作，享受原野行动和探索遗迹带来的乐趣。
■即时性与动作性大增的战斗系统
本作的战斗系统在前作的“即时战术战斗”的基础上进行改良，进化为能够连续使用技能、在危急关头反复使用道具等，更加强调动作即时感的系统。
■看上去简单易懂的调合！
比起向材料环的节点中投入材料的“连锁调合”更加浅显易懂，即使是第一次接触的玩家也能很快制作出道具；调合高手更能够制作出非常有讲究的道具。另外通过 “进化连结” 将完成品混合，还能够生成全新的效果和道具。
※游戏本篇的单体商品《莱莎的炼金工房2 ~失落传说与秘密妖精~ 数字豪华版》、《莱莎的炼金工房2 ~失落传说与秘密妖精~ 数字豪华版 with 季票》也在同时贩卖。请在购买时留意。